
 2038  hmmsearch --domtblout DfArf.1.out ArfGap.hmm protein.txt  #根据保守结构域模型搜索同源蛋白


 2042  grep -v "#" DfArf.1.out|awk '($7 + 0) < 1E-20' | cut -f1 -d " "|sort -u >DfaArf.1.list #删选置信序列ID
 2043  seqtk subseq protein.txt DfaArf.1.list > DfaArf.1.fa #根据置信ID提取蛋白质序列

 2045  clustalw 1 输入文件名  2 1 #比对置信序列 
 2048  hmmbuild DafArf.hmm DfaArf.1.aln#建立目标物种模型

 2049  hmmsearch --domtblout DfArf.2.out DafArf.hmm protein.txt 
 2050  grep -v "#" DfArf.2.out|awk '($7 + 0) < 1E-20' | cut -f1 -d " "|sort -u >DfaArf.2.list
 2051  seqtk subseq protein.txt DfaArf.2.list > DfaArf.2.fa
